Uma vez por ano, os pinguins de Humboldt trocam todas as suas penas. Aqui na Noruega, isso acontece no final do verão/início do outono — por volta de agosto e setembro.
Inicialmente, são brancos na parte frontal do corpo com manchas pretas na barriga, enquanto o dorso é completamente preto. Este é um estilo de camuflagem muito comum na natureza, onde vários animais têm a barriga mais clara do que o dorso. Perto do verão, as penas do dorso dos pinguins começam a ficar temporariamente mais acastanhadas, o que é um sinal claro de que se estão a preparar para mudar de plumagem. Quando estiverem prontos, as penas antigas vão levantar-se do corpo, deixando-os com um aspeto muito "fofinho", e aos poucos vão cair. Durante este período, os pinguins não estarão tanto tempo na água e o seu apetite diminuirá, mas felizmente isto dura apenas algumas semanas, e rapidamente se adaptarão à nova plumagem.
As crias de pinguim também passam por uma mudança de penas. Uma quando são recém-nascidos e outra quando têm pouco mais de um ano de idade. É nesta altura que passam do fato de pintainho para o fato de adulto e adquirem a caraterística risca escura no peito e uma cor mais escura no rosto.